Desde 2001, a Portaria Ibama 05/2001 já incumbia ao Centro Nacional de Estudo, Proteção e Manejo de Cavernas (Cecav) a adoção de medidas visando à preservação da Gruta do Poço Encantado, a exemplo da elaboração do Plano de Manejo Espeleológico. A criação de uma UC no local, na modalidade Monumento Natural, é meta do ICMBio desde 2009, porém até hoje não foi implantada. A unidade de conservação Monumento Natural tem como objetivo básico preservar sítios naturais raros, singulares ou de grande beleza cênica.
Em março de 2011, um Termo de Ajustamento de Conduta (TAC) foi celebrado entre o MPF, o Ibama, o ICMBio e o “guardião” da gruta, Miguel de Jesus, porém, em razão de dificuldades postas pelo Ibama, o licenciamento do local não foi efetivado e o termo não vem sendo cumprido a contento, fazendo-se necessária a criação de uma UC Federal.
Tombamento – A recomendação pelo tombamento da gruta baseia-se no art. 216, V, da Constituição Federal e no Decreto-Lei 25/1937, que regulamenta a proteção do patrimônio histórico, artístico e cultural do Brasil e prevê a possibilidade de tombamento de monumentos naturais, sítios e paisagens de feição notável. De acordo com o MPF, o Iphan já tombou outras cavernas, como as Grutas do Lago Azul e de Nossa Senhora de Aparecida, em Bonito/MS, o que demonstra a viabilidade de se adotar tal medida na Gruta do Poço Encantado.
